三种衣原体中鹦鹉热衣原体抵抗力较强。从低温-20℃贮存一年至数年以上的火鸡组织曾分离到衣原体。在禽类的干粪和褥草中，衣原体可存活数月之久。
　　衣原体对温度的耐受性与宿主的体温有关，禽类体温高，适应的衣原体株就较耐热；哺乳动物体温较低，适应的衣原体株则不耐热。
　　沙眼衣原体感染材料在56℃中5～10分钟即可灭活。在干燥的脸盆上仅半小时失去活性。在-60℃感染滴度可保持5年。液氮内可保存10年以上。冰冻干燥保存30年以上仍可复苏，说明沙眼衣原体对冷及冷冻干燥有一定耐受性。不能用甘油保存，一般保存在pH7.6磷酸盐缓冲液中或7.5%葡萄糖脱脂乳溶液中，这一点和病毒绝然不同，许多普通消毒剂可使衣原体灭活，但耐受性有所不同。如对沙眼衣原体用0.1%甲醛溶液或0.5%石炭酸溶液经24小时即杀死；用2%来苏儿仅需5分钟。对鹦鹉热衣原体用3%来苏儿溶液则需24～36小时才可杀死；用75%乙醇半分钟；1：2000的升汞溶液5分钟中即可灭活；紫外线照射可迅速灭活。四环素、氯霉素和红霉素等抗生素有抑制衣原体繁殖作用。